חדשות

הגנטיקה הגמישה של המיקרוביום (הטכניון)

23/12/2020

חוקרים בטכניון גילו כיצד מתמודדים חיידקי המעי עם שינויים בסביבת המחיה שלהם – באמצעות השתנות גנטית הפיכה

 

ד"ר נעמה גבע-זטורסקי והדוקטורנט נדב בן-אסא (בתמונה) מהפקולטה לרפואה ע"ש רפפורט יחד עם עמיתים מהרווארד פענחו מנגנון של השתנות גנטית הפיכה המסייע לחיידקי המעי להתמודד עם שינויים בסביבת המחיה שלהם. הממצאים פורסמו בכתב העת Nucleic Acids Research הרואה אור בהוצאת אוקספורד.

 

חיידקי המעי הם אוכלוסיית אורגניזמים משמעותית ביותר במיקרוביום האנושי. חיידקים אלה התפתחו במשך מאות מיליוני שנים באבולוציה משותפת (co-evolution) עם האדם ועם אבותיו, עד שכיום איננו יכולים לחיות בלעדיהם; הם חיוניים לתפקודה התקין של מערכת החיסון ולבריאותו של הגוף כולו.

חיידקי המעי נדרשים להתמודד עם הדינמיות העצומה של המעי, כלומר עם שינויים מבניים, מכניים וכימיים המתרחשים בו ללא הרף. אחד המנגנונים המסייעים להם בכך הוא שינויים מהירים והפיכים בגנומים שלהם, בתגובה לגירוי חיצוני.

 

במאמר הנדון נבחן מנגנון זה באחד החיידקים הנפוצים במעי,Bacteroides fragilis . חיידק זה מסוגל להחליף אזורים מוגדרים ברצף הגנטי שלו. החוקרים התמקדו בתפקידה של יכולת זו להשפיע על הביטוי הגנטי של החיידק.

 

החוקרים בחנו את הביטויים הגנטים של אותם שינויים (שחלופים) ומצאו שינויים נרחבים בגנום החיידקי. "בין השאר מצאנו שינויים בסוכרים המקיפים את החיידק," אומרת ד"ר גבע-זטורסקי. "הסוכרים האלה מהווים מעין 'תעודת זהות' המסייעת לחיידק לנהל תקשורת עם הסביבה. כך הם גם מסייעים לגוף שלנו, וליתר דיוק למערכת החיסון, לזהות את סוג החיידק ולהגיב אליו. לכן אנחנו משערים שהשינויים במעי משנים את אותה תעודת זהות וכך מאפשרים לתאים שלנו להגיב לחיידק באופנים שונים."

 

בתרשים: החיידק משנה את מערכת ההגנה שלו (הנשק), וכתוצאה מכך משתנים הסוכרים שסובבים אותו (המשושים על גב החיידק).

 

 

החוקרים מדגישים כי מדובר בשינויים גנטיים הפיכים המבוססים על שחלופים של אזורים בגנום במערכת מרכזית בחיידק. לכן יש לשחלופים הללו השפעות נרחבות על הביטוי הגנטי של החיידק, כולל על מולקולות חיוניות שונות.

 

האנליזה הגנטית נערכה באמצעות SMRT – טכנולוגיה חדשנית של חברת פסיפיק ביוסיינסז (PacBio) שפותחה בעשור האחרון. טכנולוגיה זו מאפשרת למפות רצפים ארוכים במולקולות די-אן-איי ויתר על כן, לזהות מודיפיקציות אפיגנטיות על מולקולות ה די-אן-איי. במערכת הנחקרת השפיעו השחלופים בגנום על מודיפיקציות גנטיות ועל הביטוי הגנטי של החיידק כולו. למערכת זו יש גם יכולות זיהוי של גורמים עוינים, כמו בקטריופאג'ים ובכך עוסק מחקר ההמשך המבוצע כרגע במעבדה.

 

בתמונה במיקרוסקופ פלורוסנטי: בתמונה העליונה רואים ביטוי של אוכלוסיית חיידקים  מבטאת את כל תתי האוכלוסיות, ובשתי התמונות התחתונות ישנה אוכלוסיית חיידקים שמבטאת רק את התת אוכלוסיה ה'ורודה'.

 

 

המחקר נתמך על ידי קרן הנשיא של הטכניון, מלגת אלון, ISF, קרן משפחת אפלבאום, גוטווירט וHuman Frontiers-.

 

למאמר ב-Nucleic Acids Research לחצו כאן

מידע נוסף לעיונך

© e-Med 2021 | כל הזכויות שמורות
שתף מקרה קליני