במאמר שפורסם בכתב העת Nature Communications במהלך חודש יוני מדווחים חוקרים על כלי חדש, בשם SURVIV (Survival Analysis of mRNA Isoform Variation), העשוי לסייע בניבוי משך ההישרדות של חולים אונקולוגים על-בסיס מודלים של נתוני רצפי RNA. בבדיקות סימולציה, המודל היה טוב יותר מניתוחי הישרדות לפי Cox.
החוקרים פיתחו את הכלי החדש במהלך למעלה משנתיים והתבססו על דגימות היסטולוגיות מ-2,684 חולי סרטן. הסימולציה הראשונה נערכה ב-682 נשים עם IDC (Infiltrating Ductal Carcinoma) ממאגר TCGA (Cancer Genome Atlas). להשוואת תוצאות אלגוריתם SURVIV מול ניתוח Cox Regression Survival Analysis הקונבנציונאלי, החוקרים תכננו סדרת נתונים של 600 נשים שחיקתה את מדדי נתוני מאגר TCGA.
בכל סימולציה הם כללו 20,000 אקסונים חליפיים המקבילים למסםר אירועי דילוג-אקסון במאגר TCGA של נשים עם IDC. סך כולל של 90% היו מהשערת האפס כי האקסונים לא היו קשורים עם משך ההישרדות. יתר 10% האקסונים היו מההשערה החליפית כי קיים קשר בין אקסונים ובין זמן הישרדות.
החוקרים בחנו את הנתונים בשני תנאים: במקרים ללא צנזורה, תמותה וזמן הישרדות של כל חולה היו ידועים; במקרים עם צנזורה, התמותה וזמן הישרדות לא היו ידועים (כולל נשים שעדיין היו בחיים).
החוקרים חיקו את שיעורי הצנזורה של מאגר IDC בהנחה כי 85% מהנשים עדיין שרדו בתום המחקר. בשני המקרים, אלגוריתם SURVIV הוביל לתוצאות טובות יותר מהניתוח הסטטיטי המקובל מבחינת שיעור תוצאות חיוביות-אמיתיות, לצד שיעור תוצאות שליליות-שגויות דומה של 5%.
כאשר האלגוריתם נבחן בחמש ממאירויות נוספות במאגר TCGA, במקרי גליומה בדרגה נמוכה תועד הקשר הבולט ביותר בין הישרדות ואותות חיתוך חליפי עם 660 אירועי דילוג-אקסון. ללא קשר למספר האירועים המשמעותיים, הגורמים המנבאים הישרדות על-בסיס חיתוך חליפי הובילו לתוצאות טובות יותר מניתוח המבוסס על ביטוי גנים לאורך סוגים שונים של מחלות ממאירות.
Nat Commun. Published online June 9, 2016
e-Med Tools
קצר קולע וממוקד
e-Med סמינרים
אי-מד תחקירים
Medscape Tools
Journal Club
מרכזי מידע ושירות
Facebook
מידע למפרסם
מאגר תרופות
אינדקס שימושי
חדשות משה"ב
eMed HealthClub
מחקרים קליניים
השאירו תגובה
רוצה להצטרף לדיון?תרגישו חופשי לתרום!